Yargıtay’ın bozma ilamının ardından İstanbul 4’üncü Ağır Ceza Mahkemesi’nde yeniden görülmeye başlayan Ergenekon davasında mahkeme heyeti, Genelkurmay Başkanı, kuvvet komutanları ve Jandarma Genel Komutanı’nın görevlerinden dolayı işledikleri suçlarla ilgili Yüce Divan’da yargılanmaları ve yargılama için izin alınması gerektiği yönünde yasa değişikliğini hatırlatarak Başbuğ hakkındaki dava dosyasını Yüce Divan sıfatıyla yetkili ve görevli Anayasa Mahkemesi’ne gönderdi. Başbuğ hakkındaki yargılamayı yapacak olan Anayasa Mahkemesi, genelkurmay başkanlarının yargılanmasını başbakan iznine bağlayan yasal düzenleme nedeniyle 12 Ekim 2017’de yargılama izni için Başbakanlık’tan izin istedi. Başbakanlık makamının kaldırılması ile Cumhurbaşkanlığı Hukuk Müşavirliği tarafından değerlendirilecek olan izin talebi henüz karara bağlanmadı. Başbuğ hakkındaki dosya izni verilene kadar bekletilecek. İzin verilmesi halinde Yüce Divan’da yargılanmasına başlanacak, izin verilmezse dosya kapanacak. Bu konuda yasal bir süre bulunmuyor.